公元前后,建华区域就有先祖繁衍生息。至明清年代,建华区域便成为北疆战略要地。
康熙二十四年七月十四日(1685年8 月13日),从抗击沙俄入侵、便于南北信息传递和巩固边陲统治出发,清朝政府在(今境内域)索伦总管驻地卜奎(魁)村(今清真寺 一带)建卜奎驿站,亦称西站。康熙三十年(1691年),朝廷派副都统品级总管马布岱驻境内,并监筑齐齐哈尔城。同年七月十九日(8 月12日),奉御旨在卜奎驿站东北建起齐齐哈尔城。同时,设城守尉(武职正三品),领兵防守及管理军政。康熙三十七年(1698年),墨尔根(今嫩江县)副都统(武职正二品)移驻境内(齐齐哈尔),正式设置副都统一员。康熙三十八年(1699年),黑龙江将军(武职正一品)萨布素自墨尔根移驻境内(齐齐哈尔),齐齐哈尔(今建华区域)在黑龙江的政治、经济和文化中心地位很快被确立起来。于是,齐齐哈尔城乡开始向今 建华区域外扩展。至光绪三十一年(1905年),齐齐哈尔地方(境内)的一切军政、旗民事务均由黑龙江将军衙门(今区政府北邻)与齐齐哈尔副都统合署统理。
光绪三十二年十二月十二日(1907年1 月25日),为适应城乡发展的需要,齐齐哈尔(境内)始划警察辖区,变条(街)管理为片(区)管理,将原划分的警防东、南、西、北、中5个段改为东、南、西、北、中5 个区。各区警务及部分民政事务由各区所驻警察署负责,故称警署区。彼时5 个警署区基本在今建华区域之内,可谓建华区建置之始。
区建置后,今建华区辖境当时一直是黑龙江省城和省会所在地(长达255年),接受黑龙江将军(衙门)和齐齐哈尔副都统署理。光绪三十四年(1908年),设置龙江府(隶属黑龙江行省),治于齐齐哈尔城。宣统三年(1911年),省城将原由方位称谓的区划改称为数字称谓的区划。全市为一、二、三、四区,其中一、二区为今建华区所辖域,仍由省级和市级行政署理。齐齐哈尔沦陷后,境内隶属于伪满齐齐哈尔市公署。直到民国末期,齐齐哈尔区划名称才有了地名意义上的名称。例如,1940年齐齐哈尔划分为永安、龙华、惠福、财神、恩信、永寿、东盛和东、南、西、北等11区。其中,惠福、恩信、东盛、西、北等5个区为今区域内。但仍隶属于市伪政府管辖。
1946年4月齐齐哈尔解放。5月21日,齐齐哈尔市政府在今建华区域内的一、五、六区建立民主政府。从此,各区才相对独立,行使着自己的权利。1954年12月11日,一区和五区部分合并成立北关区,四区(由六区改)与五区部分合并成立龙沙区。这两个区均成立了自己的政府。1958年2月,北关区与龙沙区合并,称龙沙区。但很快地方政权领导体制进行改革,于当年11月开始实行“以厂为轴,政企合一”的管理体制,将境内的国营建华机械厂与龙沙区合二为一,成立人民公社,取建华机械厂的“建华”二字为公社名称,即建华人民公社。至1961年8月,恢复行政区域建制,称建华区始。但一直挂公社党委与区人民委员会两块牌子。1980年5月28日,成立区人民政府,依然沿用了“建华”二字,即建华区人民政府,至今。